Die Molekularpathologie ermöglicht das Erkennen und Klassifizieren von Veränderungen am Erbmaterial (genetischen Material einer Zelle). Diese Veränderungen sind mit dem Mikroskop nicht sichtbar. Mittels spezieller Verfahren wie z.B. der in situ Hybridisierung, Polymerasekettenreaktion (PCR), der Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) etc. können solche Erbfehler aufgedeckt und beurteilt werden. So können z. B. auch Viruspartikel, die für eine Entzündung oder die Umwandlung in eine bösartige Zelle verantwortlich sind, erkannt und typisiert werden.